1.งานพัฒนาระบบบริหารงานแพทย์แผนไทยและการแพทย์ ทางเลือก
2.งานพัฒนาและส่งเสริมบริการการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ ทางเลือก
3.งานพัฒนาระบบข้อมูลและเทคโนโลยีทางการแพทย์แผนไทย
4.งานวิชาการและพัฒนาบุคลากรแพทย์แผนไทยและงานวิจัย
5.งานคุ้มครองภูมิปัญญาแพทย์แผนไทย
6.งานวิจัยและพัฒนาที่เกี่ยวข้องกับงานการแพทย์แผนไทยและ การแพทย์ทางเลือก